特殊技能的学习途径主要包括升级自然习得、技能机器（TM/HM）教学、技能教学师传授以及遗传技能。其中变身、愿望、心灵互换、神速等技能因其独特的战斗效果而备受关注。变身技能允许使用者复制对手的形态和技能，主要由百变怪通过升级习得；愿望技能具有延迟回复HP的效果，皮皮家族和吉利蛋等妖怪可通过升级或教学掌握；心灵互换能交换双方特性，超能力系妖怪如凯西家族和吸盘魔偶通常能学习该技能；神速作为先制攻击技能，快龙和风速狗等妖怪可通过特定方式习得。
技能机器的使用是妖怪学习特殊技能的重要方式。例如HM02飞翔技能仅限飞行属性或相关妖怪学习，如比雕、大嘴雀等；TM29精神干扰可由超能力系妖怪（胡地、呆壳兽）或通过游戏厅代币兑换获得；TM26地震作为高威力地面系技能，可由尼多王、铁甲暴龙等地面系妖怪学习。部分技能机器存在版本独占或特定剧情获取限制，需在游戏进程中留意关键道具的收集。
遗传机制为妖怪获取特殊技能提供了独特途径。通过特定亲代组合，子代可继承无法通过常规方式习得的技能，如龙系妖怪的龙之舞、妖精系妖怪的月亮之力等。遗传技能的实际效果取决于亲代的技能池和妖怪的兼容性，需要玩家精心规划繁殖配对。部分特殊技能如拍击虽看似普通，但在遗传系统中可能衍生出强力的连锁战术组合。
后期游戏中的隐藏技能教学师可教授强力特殊技能。月见山出口处的格斗家可传授百万吨拳击和百万吨飞腿；彩虹市的技能教学师提供剑舞、鼓腹等高级技能教学；七岛区域则包含硬化植物、高压水炮等初始妖怪的专属技能学习点。这些教学技能往往需要完成特定剧情或支付游戏内货币才能解锁。
急冻鸟可习得神鸟猛击，闪电鸟自带雷电技能，火焰鸟掌握大字爆炎；超梦通过升级学会精神破坏，梦幻则能学习所有技能机器。这些神兽技能的威力值和特效往往超越普通技能，但获取难度较高，需要玩家完成复杂的捕捉任务。
掌握特殊技能的学习规律对队伍构建至关重要。建议玩家通过妖怪图鉴查询具体学习途径，合理分配技能机器资源，在妖怪进化关键等级前存档以优化技能搭配。部分特殊技能如闪光、碎岩虽非战斗向，但对探索地图具有不可替代的作用，也应纳入技能规划考量。
